Для включения отображения favicon необходимо:

1. В настройках менеджера сайта(Настройки - Раздел: Менеджер сайта, модуль: Менеджер сайта) для параметра "Включить иконку сайта (favicon)" или "Включить анимированную иконку сайта (favicon)"(в зависимости от типа иконки - .ico для первого и .gif для второго) установить значение "Включено". 
2. Загрузить по ftp в корень сайта(папка public_html) необходимую иконку с названием favicon (для создания иконок в favicon рекомендуем использовать сайт http://favicon.ru/).

В браузерах Opera, Firefox, Chrome favicon отображается автоматически, в браузере Internet Explorer для того чтобы начала отображаться favicon необходимо добавить сайт в избранное, после чего закрыть окно браузера и заново открыть сайт.

В результатах поиска поисковых систем favicon начинает отображаться через 2-3 недели (после очередной индексации сайта поисковиками) после добавления favicon на сайт.