С версии системы 5.14.4 поведение поиска для товаров-ссылок следующее:
Если используется механизм поиска(в адресе страницы(get-запроса) присутствуют action=search и &search_subcats=1) и поиск идёт не из корневой категории, то в результатах поиска товары-ссылки не выводятся.

Изменить эту логику стандартными настройками системы невозможно.